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Ziel bei einem Heuaufguss ist es verschiedene Einzeller anzuzüchten und sich diese dann, zum Beispiel, unter einem Mikroskop anzuschauen. Für einen Heuaufguss verwendet man einen Glasbehälter und füllt ihn mit einer Hand voll Heu und aus Gewässer entnommenen Wasser. Das Ganze lässt man dann bei Zimmertemperatur stehen bis ein Fäulnisgeruch entsteht. Dies ist ein Zeichen dafür, dass sich die Bakterien und Einzeller vermehren und das Heu dadurch abbauen.

Woher kommen eigentlich diese vielen Bakterien und Einzeller?

Viele Einzeller können sich bei ungünstigen Umweltbedingungen – sowie Trockenheit – encystieren (einkapseln), um diese heil zu überstehen. Bei vermehrter Feuchtigkeit oder Nässe nach der Trockenphase können sich die Einzeller wieder in ihre ursprüngliche Gestalt verwandeln. Jedoch sind nicht alle Einzeller dazu in der Lage.

Paramecium (das Pantoffeltierchen) kommt, weil es sich nicht encystieren kann, höchstwahrscheinlich aus dem Wasser, welches man für den Heuaufguss verwendet. Es ernährt sich von dem Heu bzw. Pflanzenteilen im Wasser und teilt sich dann.
Lässt man den Heuaufguss ein paar Tage lang stehen, wird das Wasser durch die vielen Mirkoorganismen trüb und man kann dann eine Probe für das Mikroskopieren entnehmen. Allerdings sollte man bei der ganzen Prozedur auf Hygiene achten, da sich im Heu oder im Wasser auch Krankheitserreger befinden können.